На восточной окраине Воскресенской горы, возвышенно поднимающейся к западу, спокойно и величественно высится над низменной долиной Троицкая церковь.
В 1844 году была освящена каменная единоверческая церковь, посвященная "Отцу, Сыну и Святому Духу - Троице Единосущной и Нераздельной…". Произошло это при епископе Афанасии (Соколове), служившем на томской кафедре с 1841г. по 1853 год. Праздник Святой Троицы издревле считался в Томске особочтимым в кругу двунадесятых праздников церковного года - тех, что изображаются в праздничном ряду православного иконостаса. Икона "живоначальной Троицы" - благословение царя Бориса Годунова, данное Томску 25 марта 1604 года, - почиталась первой святыней города. Святой Троице в Томске были посвящены самые большие церкви и соборы.
В конце XYIII столетия указом императрицы Екатерины Второй в Томск целиком водворяется с уральской реки Керженец - притока Камы - старообрядческая ветвь, названная в Сибири "кержацкой". На берегу Томи к западу от каменного гостиного двора и Богоявленского храма возникает старообрядческое подворье с церковью и погостом. В середине 30-х годов Х1Х века по Указу императора Николая 1 в Томске утверждается единоверческая церковь - храм, предназначенный заменить изветшавшую деревянную церковь керженецких старообрядцев.
Составление проекта храма было поручено Духовной Консисторией губернскому архитектору Турскому (1836). Сочетание широты и ясности классицизма с северорусской шатрово-кубовой традицией деревянного зодчества явилось определяющим в архитектурном образе Троицкой церкви. В целом архитектура храма выражает стремление к возрождению русского национального стиля, характеризуя переходный период от русского классицизма к русско-византийской традиции в архитектуре. Этой традицией отмечается рост национального самосознания России, становление молодого великорусского этноса.
Главный алтарь вновь освященного храма был посвящен Святой Троице, боковые - Святому Великомученику Харлампию и Святому Дмитрию Мироточивому (Дмитрию Солунскому). Купол церкви, окрашенный в небесно-лазурный цвет, был декорирован восьмиконечными вызолоченными звездами. Над шатром звоницы имелась вызолоченная восьмигранная главка. Купол и звоница завершались восьмиконечными крестами старинной формы, характерной для Руси XIY-XYI столетий. Такими крестами завершены храмы и звоницы Московского Кремля. На северной стороне портала церкви имелось живописное изображение со сценою "Явление Христа народу" отражавшее евангельский сюжет на пришествие Христа в мир после 40-дневного уединенного поста и молитвы. В конце 40-х годов вместо утраченной "Народной проповеди" была написана новая картина на евангельский сюжет проповеди Иисуса Христа с лодки Петра, у берега Геннисаретского озера в Галилее. "Покайтесь, ибо приблизилось Царство Небесное", - проповедует Иисус Мессия. По первоначальному плану вход на территорию храма осуществлялся с запада - продолжение Нагорного переулка, пересекавшего у подножия горы Кондратьевскую (Лермонтова) улицу. Специально устроенная на склоне горы лестница придавала движению к храму торжественный характер. В начале ХХ столетия ансамбль этот был усилен дворцовой по стилю постройкой так называемого "лермонтовского" городского училища, выполненной по проекту главного архитектора Западно-Сибирского учебного округа А. Д. Крячкова в стиле "классического модерна". Ансамбль училища, лестницы и храма в перспективе Нагорного переулка являлся одним из примечательных мотивов в ландшафтной архитектуре Томска.
Из прихожан последнего времени в истории единоверческой церкви необходимо отметить русского поэта Николая Клюева, казненного в Томске в 1937 году. И по вере и по родовым корням, уходящим к знаменитому протопопу Аввакуму, Николай Клюев являлся единоверцем, странно и причудливо соединившим в себе идею Христа о "Царстве Божием не от мира сего" с коммунистической, народно понятной идеей о построении рая на земле, в чем то совпадавшего с образом "Беловодского царства" в Сибири. В 1908г. Клюевым провидчески были написаны строки, удивительно точно предначертавшие будущее поэта:
"Я надену черную рубаху
И во след за мутным фонарем
По камням двора пойду на плаху
С молчаливо-ласковым лицом…"
На Сретенье Христово 15 февраля 1946 года состоялось торжественное освящение вновь открываемого храма.