Активное заселение Западной Сибири требовало от государства создания более крупных административно-территориальных районов. Особое учреждение в Москве - Сибирский приказ - в 1629 году принимает решение о разделении территории Сибири на две области - два "разряда". Центром одной из них был назначен Тобольск, центром второй определен Томск. С образованием Сибирской губернии в 1708 году губернским городом стал Тобольск.

В XYIII веке облик Томска меняется. После продвижения русской границы к югу Томск перестает быть военным городом, а томская крепость теряет практическое значение. Центр города перемещается на берег Томи - на Базарную площадь. Все дома в городе были деревянные. Улицы города были узкие, кривые и немощеные. Бичом горожанам были городские пожары. Огромное влияние на жизнь города оказывает строительство в 30-е годы XYIII века Сибирского тракта, соединившего Москву и Петербург с Иркутском и Кяхтой (русским торговым пунктом на границе с Китаем). Вдоль тракта возникают новые русские деревни и села, а Томск становится крупным торговым и транзитным центром Сибири. В это время в городе резко возрастает число купцов, в том числе ведущих международную торговлю.

В Томске появляется много ремесленников - кузнецов, столяров, шорников. Вдоль Московского тракта стояли десятки кузниц. Там образовались улицы: Старокузнечный ряд, Новокузнечный ряд. Подъем на Воскресенскую гору назывался Первый Кузнечный взвоз. По соседству с ним находился Второй Кузнечный взвоз. Население Томска и ближайших деревень обслуживало нужды сибирского тракта, занималось извозом, поставляло в соседние города сундуки, мыло, холст, рукавицы, обувь, делало конскую сбрую, вило веревки, делало сани, телеги, дуги и колеса. В конце XYIII века Томск имел около 5000 жителей.

В 1804 году на карте Сибири появляется Томская губерния. С превращением Томска в губернский центр предпринимаются первые попытки благоустроить город. К 1816 году были устроены деревянные мостовые на 8 поперечных и 6 продольных улицах, но дорогостоящая затея просуществовала надолго.

На протяжении всего 19 века Сибирь является местом ссылки политических и уголовных преступников из Европейской России. Они должны были заселять колоссальные свободные пространства Сибири, обеспечивать даровую рабочую силу на рудниках. Так царизм стремился путем ссылки избавиться от своих вольнолюбивых политических врагов. На протяжении XIX века в Сибирь было сослано более 1,5 миллионов человек. Политические ссыльные способствовали росту культуры Сибири, давали кадры учителей, врачей, научных исследователей. После поражения восстания декабристов в 1825 году в Сибирь было сослано более 100 дворянских революционеров. Из декабристов в Томске оказался сосланный сюда в 1846 году единственный декабрист-сибиряк Г.С.Батеньков. После отмены крепостного права 1861 года в Сибирь хлынул значительный поток переселенцев. За 40 лет численность русского населения в Сибири выросло более чем в 2 раза. Очередной всплеск торговли в эти годы сказался на развитии речного транспорта: гужевая перевозка грузов оказалась явно недостаточной. Большая часть пароходов Обской речной системы принадлежала томским компаниям и купцам. Для развития транспортной системы в 1891 году правительство приступило к строительству Сибирской железной дороги, законченной в 1900 году. Железнодорожная магистраль прошла южнее Томска на 80 км, но город был соединен с главной линией железнодорожной веткой, регулярное движение по которой началось в 1896 году.