Холмистая местность, покрытая хвойными и лиственными деревьями, близость большой реки Томи с многочисленными притоками (Ушайка, Басандайка, Киргизка и другие речки), лесные поляны (елани) были удобным местом для поселений человека. В многочисленных озерах, речках и реках в изобилии водились различные виды рыб; леса были богаты пушным зверем и дикой птицей; луга речной долины использовались под пастбище.

По реке Томи жили обособленно группы "томских людей", или "томских татар". Каждая из этих групп возглавлялась князьцом, имела свои поселения, закрепленные пастбища, свои места охоты и рыбной ловли. В начале XYII века на нижнем течении Оби, на Тоболе и Иртыше появляются русские "землепроходцы" (крестьяне, казаки), возникают русские селения. Местные жители увидели в Русском государстве силу, способную защитить их от разорительных набегов кочевников Южной Сибири, и решают принять русское подданство.

Князец самой многочисленной группы томских татар Тоян едет в Москву и в январе 1604 года подает челобитную царю, в которой просит от имени всех "томских людей" построить в низовьях реки Томи русский город, поставить там гарнизон служилых людей. В Москве челобитная Тояна принята. Удобным местом для строительства города признан юго-западный мыс горы на правом берегу Томи против городка Тояна. Воеводам русских городов в Сибири дано указание весной 1604 года (как только вскроются реки ото льда) отправиться на реку Томь для строительства Томского города.

Строительство русской крепости на берегу Томи на мысе горы (позже названной Воскресенской) было завершено 27 сентября (7 октября по новому стилю) 1604 года. Первоначально городом называлось не все городское поселение, а только особо укрепленная его часть, крепость, обнесенная деревянными стенами, имевшими сторожевые башни с постоянными караулами, и въездные ворота. Общая длина четырех городских стен Томска в 20-е годы XYII века составляла немногим более 200 метров. Особенно укрепленной была передняя сторона города, примыкавшая к острогу - крепостная стена защищала от киргизских и калмыцких вторжений жилые дома обитателей Томска. Первыми поселенцами города были участники экспедиционного отряда, строившего крепость, а также направляемые по распоряжению правительства служилые люди из Москвы, Вологды, Великих Лук, Устюга и других городов. Они выполняли функции по защите города. Большая численность служилых людей объяснялось военно-стратегическими функциями города. Расположенный на южном рубеже Западной Сибири, в XYII веке Томск играл огромную роль в обороне русской границы от вторжений степных кочевников. Кроме служилых людей в городе появляются крестьяне, промысловщики, торговцы.

В XYII веке Томск является крупным центром торговли на юго-востоке Западной Сибири. На томских рынках (левый берег Томи по соседству с Тояновым городком и центр города - нынешняя площадь Ленина) торговали телеуты и калмыки. Они привозили пушнину, пригоняли лошадей и коров и выменивали на них русские товары (сукна, ножи, огнива, топоры, котлы и другие предметы). Русские купцы везли в Томск кумач, готовое платье, кожаные изделия, украшения, медную посуду, инструмент и пр., которые продавали или выменивали на пушнину.

Русские поселенцы на новом месте жительства вступали в тесные дружественные связи с коренными жителями. Заимствовали у них некоторые приемы охоты и рыбной ловли. Русские женились на девушках-татарках. В 1626 году в Томске жила 531 семья. В последующие годы население города систематически возрастало.